IGCS 2024丨卵巢癌诊疗精粹（9）：CAPP-SEQ技术对ctDNA突变进行分析、铂耐药的潜在标志物NKAPL

国际妇科癌症学会（IGCS）2024全球会议于近期在爱尔兰都柏林举行，为全球妇科肿瘤医生提供包括手术、化疗、放疗和病理学创新发展在内的最前沿研究进展的交流平台。为帮助国内医生了解IGCS 2024全球会议上众多创新性的妇科肿瘤研究成果，我们特别整理了其中有关卵巢癌诊疗的重要学术成果，与大家分享。

应用深度测序（CAPP-SEQ）技术对高级别浆液性卵巢癌（HGSC）循环肿瘤DNA（ctDNA）中的突变进行分析

MUTATIONAL ANALYSIS OF CIRCULATING TUMOUR DNA (CTDNA) IN HIGH GRADE SEROUS OVARIAN CANCER (HGSC) USING CANCER PERSONALISED PROFILING BY DEEP SEQUENCING (CAPP-SEQ)

Mark Ward, Tanya Kelly, Faye Lewis, Catherine O'Gorman, Brian Henderson, Sinead Hurley, et al. 

背景：循环肿瘤DNA（ctDNA）有助于肿瘤的分子纵向研究，全面反映瘤间和瘤内异质性。血浆ctDNA的水平会常因肿瘤的类型或位置、分期以及接受的治疗方式而有所不同。CAPP-seq具有通用性及高敏感性，用于检测ctDNA特定基因组区域。本研究旨在评估CAPP-seq在HGSC患者ctDNA中的应用。

方法：从23名上皮性卵巢癌（HGSC）患者身上，在她们被诊断时、接受新辅助化疗后、以及在治疗后的第一年和第二年的时间点上共收集了46份血浆样本。使用AVENIO ctDNA分离试剂盒从4 ml血浆中提取ctDNA，使用AVENIO ctDNA靶向试剂盒（17个基因面板）制备测序文库。使用Illumina NextSeq-550对文库进行测序。使用基因组浏览器（IGV）对已识别的变异进行查看，仅包括面板中的SNVs、插入缺失、CNVs和基因融合。

结果：在基线时，80%的患者检测出ctDNA（突变基因拷贝数/ml），并在TP53、BRCA1、KRAS、NRAS、MET和ERBB2基因中发现体细胞突变。在EGFR和MET中发现CNVs。69%的血浆为ctDNA+。在新辅助治疗患者中，TP53等位基因变异频率（VAF%）与化疗治疗反应一致。纵向来看，ctDNA等位基因变异频率（VAF%）的增加与复发相吻合，ctDNA阴性的患者有更长的无进展间隔。

结论：在HGSC患者诊断、新辅助化疗后及复发时均可检测到ctDNA。扩大ctDNA检测面板，纳入更多的基因，将使得在新辅助化疗期间能够进行肿瘤的突变负荷（TMB）监测。

CALD1基因上的RS3807337位点的多态性对上皮性卵巢癌（EOC）发病机制及预后的作用

ROLE OF CALD1 RS3807337 POLYMORPHISM IN EPITHELIAL OVARIAN CANCER PATHOGENESIS AND PROGNOSIS

Emina Mališić, Ivana Boljević, Marijana Milović-Kovačević, Radmila Janković

背景：CALD1基因编码的细胞骨架蛋白caldesmon 1，抑制肌动球蛋白收缩系统，影响细胞运动、迁移、侵袭和增殖。CALD1启动子区rs3807337多态性（A>G）可能影响CALD1基因的表达。因此，我们假设这种多态性可能影响EOC的发展和预后。

方法：用PCR-RFLP方法对61例EOC和20例良性肿瘤的rs3807337基因型进行检测。采用卡方检验和Fisher精确检验，比较良性肿瘤和恶性肿瘤基因型分布的差异，以及EOC的各种临床病理特征（FIGO分期、组织学亚型、肿瘤分级、有无转移和残留肿瘤）。采用卡方检验和Fisher精确检验，比较良性肿瘤和恶性肿瘤基因型分布的差异，以及EOC的各种临床病理特征（FIGO分期、组织学亚型、肿瘤分级、有无转移和残留肿瘤）。

结果：CALD1 rs3807337基因型在EOC和良性肿瘤中的分布分别为：AA组22.9%比50.0%，AG组57.4%比35.0%，GG组19.7%比15.0%。与良性肿瘤相比，AA基因型与AG + GG基因型在EOC中的发生率显著降低（p=0.044；RR = 0.5；95%CI 0.2~0.9）。CALD1 rs3807337与EOC临床病理特征无相关性。然而，在诊断三年后，与AA和AG基因型相比，GG基因型与较差的总生存率相关。

结论：结果显示，CALD1 rs3807337 AA基因型对EOC具有保护作用，而GG基因型可能是EOC预后较差的生物标志物。需要进一步的大规模研究来证实这些发现。

高级别浆液性卵巢癌中铂耐药的潜在标志物NKAPL

INVESTIGATING NKAPL, A POTENTIAL MARKER FOR PLATINUM RESISTANCE, IN HIGH-GRADE SEROUS OVARIAN CANCER

Lea Schäfer, Romina Silva, Gavin Stewart, Sharon O'Toole, Antoinette Perry

背景：之前，我们发现NKAPL（NF-kB激活蛋白样）在对化疗敏感和耐药的HGSOC患者中存在甲基化及表达的差异。我们假设NKAPL的甲基化和表达可能是治疗耐药性的一个信号。为了验证该假设，我们进行了NKAPL启动子区域的去甲基化，并测定了NKAPL的表达和化学敏感性。然后，我们在HGSOC细胞系中建立了NKAPL基因的甲基化和的表达。

方法：通过将靶向甲基化编辑的质粒转染到对药物敏感的A2780细胞和耐药的A2780/CP70细胞中，实现NKAPL的去甲基化。利用定量甲基化特异性PCR技术检测铂敏感细胞系：OVCAR4、CAOV3、PEO1、PEO4和UWB1.289-亲本和耐药细胞系：COV318、Kuramochi和UWB1.289-BRCA1的DNA甲基化。使用RT-qPCR技术检测NKAPL的表达。

结果：NKAPL启动子去甲基化导致某些CpG位点的甲基化差异高达50%。在A2780和A2780/CP70中，NKAPL的去甲基化导致基因表达增加。A2780细胞对顺铂敏感性未发生变化。然而，转染的A2780/CP70细胞对顺铂的敏感性显著增加，细胞生存率降低可高达15%。在铂耐药的COV318细胞中检测了NKAPL基因的表达。所有细胞系均检测到NKAPL的DNA甲基化。

结论：以往的研究表明，NKAPL基因沉默可能预示预后不良和铂耐药。NKAPL启动子的去甲基化部分恢复了耐药OC细胞的化学敏感性。启动子去甲基化后表达水平升高表明启动子的甲基化状态和基因表达水平之间存在负相关关系。然而，对NKAPL的基础表达了解甚少。评估NKAPL在HGSOC细胞系和肿瘤中的活性的研究还在进行中。

参考文献：

1. MUTATIONAL ANALYSIS OF CIRCULATING TUMOUR DNA (CTDNA) IN HIGH GRADE SEROUS OVARIAN CANCER (HGSC) USING CANCER PERSONALISED PROFILING BY DEEP SEQUENCING (CAPP-SEQ). International Gynecological Cancer Society 2024,EV021 / #894.

2. ROLE OF CALD1 RS3807337 POLYMORPHISM IN EPITHELIAL OVARIAN CANCER PATHOGENESIS AND PROGNOSIS.International Gynecological Cancer Society 2024,EV015 / #623.

3. INVESTIGATING NKAPL, A POTENTIAL MARKER FOR PLATINUM RESISTANCE, IN HIGH-GRADE SEROUS OVARIAN CANCER.International Gynecological Cancer Society 2024,EV019 / #412.

审批编号：CN-148630

过期日期：2025-11-29